河南中医药大学学科建设办公室是学校学科建设工作领导小组暨重点学科建设工作领导小组的日常办事机构，是主管校长领导下的行政职能部门。学校坚持以学科建设为龙头，汇聚学术队伍、凝练学科方向、构筑学科平台，全方位深化学科内涵建设。近些年来学校先后入选河南省特色骨干大学和特色骨干学科、“双一流”创建高校和一流创建学科。现有国家中医药管理局高水平中医药重点学科11个，河南省一流创建学科1个，河南省特色骨干学科3个，新一轮河南省重点学科13个、校级培育学科2个，校级重点学科12个，形成了国家中医药管理局、省级、校级布局合理、特色鲜明的重点学科建设格局。

自2021年获批立项“双一流”创建高校和学科以来，学校秉承“发挥优势，突出特色，争创一流”的学科建设理念，对标建设规划，出台《河南中医药大学关于“双一流”创建的意见》《河南中医药大学深入推进“双一流”创建工作实施办法》《河南中医药大学“双一流”创建项目管理办法》等文件，实施“学科特区”，成立一流学科---中医学学科建设工作部、建设交叉学科、强力推动项目实施。创建以来，国家医学中心申报进展顺利，临床医学（2022年）、药理学与毒理学（2023年）先后进入ESI前1%学科，2位学者连续3年获“爱思唯尔中国高被引学者”称号，学科声誉显著提升。